上海機械進口清關代理操作流程如下：

　　1. 準備進口文件：進口代理需要準備進口合同、發票、裝箱單、提單、保險單等文件。

　　2. 繳納關稅和增值稅：進口代理需要向海關繳納關稅和增值稅。

　　3. 辦理報關手續：進口代理需要向海關提交報關申報單，并提供相關證明文件。

　　4. 檢驗檢疫：進口代理需要向檢驗檢疫部門提交相關證明文件，并接受檢驗檢疫部門的檢查和檢驗。

　　5. 支付費用：進口代理需要向海關、檢驗檢疫部門、港口等支付相關費用，如報關費、檢驗檢疫費、碼頭費等。

　　6. 提貨入庫：進口代理需要安排貨物提貨，并將貨物入庫。

　　7. 安排配送：進口代理需要根據客戶要求，安排貨物配送至目的地。

　　8. 完成清關手續：進口代理需要在貨物到達目的地后，完成清關手續并向客戶提供相關證明文件。